Peran strategis peternakan juga berkaitan dengan penanggulangan kemiskinan. Pemerintah telah menetapkan tiga sasaran utama program penanggulangan kemiskinan, yakni; menurunnya persentase penduduk yang berada di bawah garis kemiskinan menjadi 8,2 persen pada tahun 2009, terpenuhinya kecukupan pangan yang bermutu dan terjangkau, dan terpenuhinya pelayanan kesehatan yang bermutu. Namun pembangunan peternakan tidak terlepas dari berbagai masalah dan tantangan. Globalisasi ekonomi merupakan salah satu ancaman dan sekaligus peluang bagi sektor peternakan. Menjadi ancaman jika Indonesia tetap menjadi importir input dan teknologi peternakan untuk menggerakkan proses produksi dalam negeri dan untuk memenuhi kebutuhan yang tidak dapat dipenuhi dalam negeri. Ketergantungan pada impor jika tidak ditunjang oleh usaha-usaha kemandirian yang produktif, akan mendorong ketergantungan semakin sulit dipecahkan. Indonesia mempunyai peluang untuk mengisi pangsa pasar dunia karena Indonesia dianggap sebagai negara produsen yang aman karena produk ternak yang masih murni dan bebas dari penyakit mulut dan kuku. Berdasarkan Statistik Peternakan 2005 ekspor Indonesia mengalami pertumbuhan sebesar 17% per tahun.2 Dunia Islam juga mengharapkan Indonesia sebagai eksportir ternak yang sesuai dengan hukum Islam.
Dalam sisi dalam negeri yang menjadi penghambat tumbuhnya sektor peternakan, antara lain:
1. Struktur industri peternakan sebagian besar tetap bertahan dalam bentuk usaha rakyat. Yang dicirikan oleh tingkat pendidikan peternak rendah, pendapatan rendah, penerapan manajemen dan teknologi konvesional, lokasi ternak menyebar luas, ukuran usaha relatif kecil, serta pengadaan input utama yakni HMT (Hijauan Makanan Ternak) yang masih tergantung pada musim, ketersediaan tenaga keluarga, serta penguasaan lahan HMT yang terbatas.
2. Ketersedian bibit bermutu. Penelitian tentang pembibitan telah banyak dilakukan namun belum tersosialisasikan dalam skala besar. Terjadi kegagalan komunikasi baik Badan Litbang maupun Perguruan Tinggi. Selain itu, peternak tidak mempunyai insentif dalam mengadopsi teknologi baru yang disertai peningkatan biaya.
3. Masalah agroindustri peternakan yang belum mampu menggerakkan sektor peternakan. Misalnya, industri pengolahan susu, sebgaian besar menggunakan input dari negara asal. Industri perhotelan membutuhkan daging dari impor.
4. Derasnya impor illegal produk-produk peternakan
5. Bencana penyakit (mewabahnya virus flu burung dan antraks)
6. Ketergantungan yang tinggi terhadap bahan baku pakan
Peluang sektor pertanian di masa yang akan datang sangat besar karena permintaan hasil ternak yang terus bertambah akibat pertambahan jumlah penduduk. Berikut ini data konsumsi ternak nasional tahun 2002-2005:3 (kg/kapita/tahun)
| No | Uraian | 2002 | 2003 | 2004 | 2005 |
| 1 | Daging | 5.75 | 5.96 | 6.17 | 7.11 |
| 2 | Telur | 4.04 | 4.11 | 4.38 | 4.71 |
| 3 | Susu | 7.05 | 6.69 | 6.78 | 6.80 |
Berdasarkan data di atas menunjukkan bahwa permintaan akan konsumsi ternak terus meningkat. Konsumsi daging meningkat dari 5,75 kg/kapita/tahun pada tahun 2002 menjadi 7,11 kg/kapita/tahun pada tahun 2005.
FAO sejak tahun 1999 juga sudah memprediksi akan terjadinya perubahan signifikan pada sektor peternakan dunia. Ketika konsumsi daging dunia meningkat 2,9%, maka di negara-negara berkembang sudah melaju sampai 5,4%, bahkan di Asia Tenggara mencapai 5,6%. Sementara di negara-negara maju hanya meningkat 1%. Sampai tahun 2020 diperkirakan pertumbuhan konsumsi daging negara-negara berkembang rata-rata 2,8% per tahun, sementara di negara-negara maju hanya 0,6% per tahun.
Dengan segala keterbatasan peternak, perlu dikembangkan sebuah sistem peternakan yang berwawasan ekologis, ekonomis, dan berkesinambungan. Yaitu dengan mengembangkan peternakan industri dan peternakan rakyat yang dapat mewujudkan ketahanan pangan dan mengantaskan kemiskinan.
